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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
03/03/2009 |
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Data da última atualização: |
31/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
NESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da. |
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Afiliação: |
GORAN NESHICH, CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; RICARDO MARTINS BERNARDES, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; CARLOS DA SILVEIRA, UNIFEI. |
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Título: |
"Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 1., 2008, Brasília, DF. Comunicações Selecionadas. Brasília, DF: Embrapa, 2008. Não paginado. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta por CENABIDs, e outros cluster e núcleos de alto processamento). A maior demanda no campo da Bioinformática é por SOFTWARE de qualidade e não como muitos acreditam, por numero elevado de CPUs. As condições de nosso trabalho permitem montar um sistema genuinamente distribuído, fazendo uso mais racional dos hardwares já adquiridos. Isso possibilitara também que outros interessantes pacotes (a maioria ainda protótipos de uma ideia promissora) de bioinformática, desenvolvidos nos mais diversos rincões de pesquisas possam ser tirados do seu ostracismo e trazidos para a integração. Logo, a racionalização acabara abrangendo também os aplicativos. O STING pode ser esse componente aglutinador, possivelmente tornando-se um padrão de componentização: uma verdadeira plataforma para desenvolvimento de aplicações distribuída em bioinformática. O STING se tornara uma API (Application Programming Interface) capaz de manipular todos os parâmetros presentes no seu RDB. As WEB-APIs dos diversos centros brasileiros e dos outros paises, estarão "virtualmente" integradas nos middlewares, e diferentes aplicações poderão ser montadas por diferentes usuários conforme os diferentes interesses. MenosO STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta por CENABIDs, e outros cluster e núcleos de alto processamento). A maior demanda no campo da Bioinformática é por SOFTWARE de qualidade e não como muitos acreditam, por numero elevado de CPUs. As condições de nosso trabalho permitem montar um sistema genuinamente distribuído, fazendo uso mais racional dos hardwares já adquiridos. Isso possibilitara também que outros interessantes pacotes (a maioria ainda protótipos de uma ideia promissora) de bioinformática, desenvolvidos nos mais diversos rincões de pesquisas possam ser tirados do seu ostracismo e trazidos para a integração. Logo, a racionalização acabara abrangendo também os aplicativos. O STING pode ser esse componente aglutinador, possivelmente tornando-se um padrão de ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Banco de dados; Bioinformática; Estruturas macromoleculares; Web. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Databases. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/39122/1/cloudcomputation.pdf
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Marc: |
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520 $aO STING é um produto - plataforma com interface para fácil análise de estruturas macromoleculares (proteicas e de DNA) baseado em um conjunto de pre-calculados descritores de estrutura 3-dimensional destas moléculas. Os descritores encontram se em um banco relacional de dados, mantido automaticamente, atualizado em periodos regulares, acompanhando o crescimento de informações disponibilizadas publicamente pelos principais provedores e repositores mundiais, tais como: PDB, UNIPROT, HSSP, PROSITE, PROTHERM etc. Nossa proposta visa reformulação da maneira do trabalho e da desenvolvimento das principais ferramentas oferrecidas para a comunidade cientifica: queremos fazer o STING um "(bio)logic programable layer" em cima da "processing network layer" (composta por CENABIDs, e outros cluster e núcleos de alto processamento). A maior demanda no campo da Bioinformática é por SOFTWARE de qualidade e não como muitos acreditam, por numero elevado de CPUs. As condições de nosso trabalho permitem montar um sistema genuinamente distribuído, fazendo uso mais racional dos hardwares já adquiridos. Isso possibilitara também que outros interessantes pacotes (a maioria ainda protótipos de uma ideia promissora) de bioinformática, desenvolvidos nos mais diversos rincões de pesquisas possam ser tirados do seu ostracismo e trazidos para a integração. Logo, a racionalização acabara abrangendo também os aplicativos. O STING pode ser esse componente aglutinador, possivelmente tornando-se um padrão de componentização: uma verdadeira plataforma para desenvolvimento de aplicações distribuída em bioinformática. O STING se tornara uma API (Application Programming Interface) capaz de manipular todos os parâmetros presentes no seu RDB. As WEB-APIs dos diversos centros brasileiros e dos outros paises, estarão "virtualmente" integradas nos middlewares, e diferentes aplicações poderão ser montadas por diferentes usuários conforme os diferentes interesses.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 77 | |
| 2. |  | MAZONI, I.; NESHICH, G. DIPN: a dictionary of the internal proteins nanoenvironments and their potential for transformation into agricultural assets. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (ed.). Digital agriculture: research, development and innovation in production chains. Brasília, DF: Embrapa, 2023. cap. 9, p. 165-177.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 3. | | MAZONI, I.; NESHICH, G. DPIN: um dicionário dos nanoambientes internos das proteínas e seu potencial para transformação em ativos para a agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (Ed.). Agricultura digital: pesquisa, desenvolvimento e inovação nas cadeias produtivas. Brasília, DF: Embrapa, 2020. cap. 9, p. 218-232.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Studying structure function relationship of proteins using "remediated" PDB files. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. Plos One, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Territorial. |
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| 12. | | TOGAWA, R. C.; RIBEIRO, C.; MAZONI, I.; PELLIGRINELLI, T.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. The table of interface forming residues as the specificity indicator for serine proteases bound to different inhibitors. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON BIOINFORMATICS & COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2008, Georgia. Las Vegas Nevada: CSREA, 2008, p. 811-817. BIOCOMP 2008. WORLDCOMP'08| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 15. | | NESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da. "Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 1., 2008, Brasília, DF. Comunicações Selecionadas. Brasília, DF: Embrapa, 2008. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 16. | | MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JÚNIOR, W. Contacts as the key elements for comparing two protein structures. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-6.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 17. | | JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 18. | | PENA, I.; MANCINI, A. L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; ORTEGA, J. M. Identification of philogenetic relationship between GDPD and SMaseD proteins based on active site amino acid physical chemical properties. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C, 2008. Não paginado. X-Meeting 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 19. | | MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 20. | | SALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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